Romańska rotunda usytuowana pod prezbiterium świątyni to najbardziej zagadkowa budowla Przemyśla. Oglądamy jej mur zewnętrzny wzniesiony z potężnych ciosów piaskowca. Wnętrze nie zostało jeszcze przebadane. Można spodziewać się ważnych odkryć archeologicznych. Historia chrześcijaństwa w Przemyślu liczy bowiem jedenaście wieków: biskupstwo istnieje tu od IX stulecia.
Jego dzieje ukazuje ekspozycja w krypcie archikatedralnej, która powstała z inicjatywy abp. Józefa Michalika, Metropolity Przemyskiego oraz dr Grażyny Stojak, byłego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków. W czasie prac konserwatorskich zidentyfikowano pochówki 11 miejscowych biskupów; najstarsze pochodzą z XVIII stulecia. Są wśród nich tak znaczące postacie jak np. bp Aleksander Antoni Fredro (kierujący diecezją w latach 1724-34), który rozpoczął przebudowę świątyni w stylu barokowym. Roboty przerwała katastrofa budowlana, kiedy to runęło sklepienie nawy, a za nim gotyckie sklepienie krypt. Zniszczeniu uległy m.in. 62 pomniki nagrobne – dzieła dużej klasy artystycznej. Ich fragmenty oglądamy w lapidarium. Katedrę odbudował i powtórnie poświęcił bp Hieronim Sierakowski (1743-60).
W trumnie bp. Walentego Wężyka (1765-66) znaleziono ceramiczną urnę ze zmumifikowanym sercem, pokazanym w specjalnej gablocie.
Na jednym z kamiennych sarkofagów stoi trumna bp. Józefa Tadeusza Kierskiego (1768- 83) w której ułożono jego pełny strój pontyfikalny. Obok sarkofagu bp. Walentego Wężyka pokazany został jego ornat z cennej tkaniny (jedwab lyoński). Najnowsze pochówki pochodzą z XX wieku. Spoczywają tu: bp Anatol Nowak (1924-1934), bp Franciszek Barda (1934-1964), bp Stanisław Jakiel (1964-1966) i abp Ignacy Tokarczuk (1966-1993).
Unikalna ekspozycja zakonserwowanych tkanin wyjętych z trumien to dzieło prof. Anny Drążkowskiej z Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Są wśród nich również fragmenty strojów osób świeckich, bo w podziemiach spoczęli także przedstawiciele szlachty i patrycjatu. Na przykład niemal kompletna zachowała się sukienka dziewczęca z końca XVIII stulecia.
W czasie prac w podziemiach katedry natrafiono na liczne pochówki anonimowych osób. Szczątki zebrano w dwóch ossuariach. Jedno z nich znajduje się w zamurowanej krypcie. W drugim – dostępnym dla zwiedzających – pokazane są czaszki i kości. To jakby ilustracja wersetu: „To bowiem, co widzialne, przemija. To zaś, co niewidzialne, trwa na wieki” (por. 2 Kor 4).
Ekspozycja została opracowana przy współpracy: Muzeum Archidiecezjalnego oraz Muzeum Narodowego Ziemi Przemyskiej i Firmy PPUH Orion inż. Macieja Piórkowskiego, która wykonała roboty budowlano-konserwatorskie. Prace sfinansowali: Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Wojewódzki Konserwator Zabytków, Podkarpacki Urząd Marszałkowski oraz Urząd Miasta Przemyśla i wierni.
Wejście do krypt znajduje się w głównym przedsionku archikatedry. Godziny otwarcia: niedziela i poniedziałek nieczynne, wtorek – sobota w godz. 9 – 16. Wejście w grupach maksymalnie 30-osobowych o każdej pełnej godzinie: 9.00; 10.00; 11.00; 12.00; 13.00; 14.00 i ostatnie wejście o godz. 15.
